Plusieurs changements ont lieu: Tom Hagen est décédé de mort inexpliquée (certainement d'un cancer). Son fils entre au Vatican.Kay Adams rejoint Michael avec qui elle est restée en très bons termes.Leur fille Mary est très proche de son père tandis que leur fils Anthony, qui ferait un bon Consigliere selon Michael, est proche de sa mère.D'ailleurs, il refuse de poursuivre ses études de droit pour être chanteur d'opéra.Michael refuse d'abord mais finit par céder, se reconnaissant dans son fils lorsqu'il était jeune.Le point le plus important est que Michael s'est assagi avec l'âge et de plus ses problèmes diabétiques le freinent dans ses actions.
Lors de la réception, l'ancienne maitresse de Sonny, Lucy Mancini, amène son fils qu'elle a eu avec Sonny: Vincent.Celui-ci tombe amoureux de sa cousine Mary.Mais lors de la réception, il se heurte à Joey Zasa, un caid de quartier, trafiquant de drogue notoire.Vincent informe son oncle qu'il Zasa est prêt à le supprimer si Michael lui en donne l'ordre.Celui-ci refuse mais Vincent tue Zasa lors de la fête de San Genarro à Little Italy.En faisant cet acte, Vincent marche directement dans les pas de son grand-père Vito qui avait fait la meme chose 54 ans auparavant.
Michael reproche ce meurtre mais est forcé d'admettre que Vincent est un digne successeur des Corleone, c'est pourquoi il le prend sous son aile.Cela lui sauvera la vie car lors d'une réunion des Familles, une attaque d'hélicoptère va tuer tout le monde sauf Michael, car Vincent avait senti le danger à temps.
Michael, malade et affaibli par cette tentative de meurtre fait une crise cardiaque et est conduit d'urgence à l'hôpital.A ce moment, il laisse plus ou moins ses affaires à Vincent.Puis Michael part pour le Vatican tenter de racheter une entreprise immobilière.Là, il se confesse auprès d'un cardinal qui n'est autre que le futur Pape Jean-Paul 1er.Michael lui explique que le meurtre de son frère Fredo, qu'il a commandité, le hante jour et nuit et le ronge à petit feu (on peut en déduire que ça a une part de responsabilité dans l'effondrement physique dont est victime Michael).
A la fin du film, la famille Corleone va à l'opéra ou Anthony doit donner un récital.A ce moment, Michael fait de Vincent le nouveau parrain de la Famille Corleone.Alors qu'ils profitent de la musique, un tueur déguisé en prêtre, employé par un vieux rival italien, a pour objectif de tuer Michael.Il l'attend à la sortie de l'opéra.Vincent se doute de quelque chose mais trop tard: le tueur tire, deux balles partent.La première touche Michael mais celui-çi n'est que blessé au bras.La deuxième, accidentelle, a touché Mary en pleine poitrine.La blessure est fatale et la jeune fille s'écroule au pieds de son père.Pour venger sa petite-amie, Vincent abat froidement le tueur d'une balle dans le ventre.
La dernière séquence montre Michael très vieux.Il est dans la maison où vivait Don Tommasino, en Sicile.Il est assis sur une chaise.Tout à coup, il fait une crise cardiaque foudroyante et meurt sur le coup, oublié de tous.