Ses parents émigrent aux Etats-unis alors qu'il n'a qu'1 an, ils s'installent à Brooklyn.En 1911, son père est obligé de retourner en Sicile.Son père meurt en 1915 et sa mère en 1920.
Lorsque l'Italie devient fasciste, il fuit à Marseille, puis Paris et enfin à Cuba où il organise un trafic entre l'ile et la Floride, mais bien vite il retourne à Brooklyn.
Là il se lie avec le milieu de la Mafia et dès le début il se fait remarquer par Joe Masseria, cependant celui-çi s'inquiète du nombre croissant de jeunes aux dents longues.
Bonanno entre sous les ordres de Salvatore Maranzano, le grand rival de Masseria.En 1930, il devient un de ses lieutenants.C'est à cette époque que Maranzano expose les bases de la Mafia, notamment la question du partage des territoires.Bonanno obtient un territoire et devient un des plus jeunes chefs de Famille qui ait existé.Il mena sa Famille loin des querelles et autres vendettas.
Mais dans les années 60, il perd de son influence et sa Famille se sépare en deux:une partie lui reste fidèle, tandis que l'autre suit un autre chef.Bonanno, refusant de lâcher les affaires, est kidnappé et après de nombreux pourparlers il est relaché mais en echange il abandonne son poste et se retire à Tucson.
Il meurt de vieillesse en 2002.